4.20をインストールして1日もたたないうちに4.21がリリースされたのは予想外だった（笑）。まだデータも少ないし，カスタマイズのほとんどしていないのでバージョンアップに伴うリスクが小さいのがせめてもの救いか。
バージョンアップの手順は公式にもドキュメントがあるが，一応メモを残しておく。
１．既存の環境のフォルダ名を変更
MTがインストールしてあるフォルダ（アプリケーションディレクトリ）の名前を変更（例：「mt」から「mt420」）。
必須ではないが，バックアップデータの管理にはバージョンが明記されていたほうが後々わかりやすい。また，フォルダ名を変えて旧環境を残しておけば，新しいバージョンでトラブルが出たときに容易に元に戻すことができる。
２．既存の環境のバックアップ
MTをインストールしてあるフォルダをまるごとバックアップ。
SQLiteによる運用だと，ファイルベースのバックアップで済んでしまうのが便利。
３．新しいファイルのアップロード
新しいバージョンのファイルを解凍してアップロード。
アップロード先のフォルダ名を旧環境で使用していたフォルダ名（例：「mt」）に変更。
４．旧環境からの設定・データの引継
mt-config.cgi，自分でインストールしたプラグイン，SQliteのデータファイルを２．で作成したバックアップから新環境にアップロード。
プラグイン関係のファイルの置き場所は主に
アプリケーションディレクトリ/plugins/
アプリケーションディレクトリ/mt-static/plugins/
５．cgiファイルの属性変更
環境に応じてcgiを実行できる属性（「755」等）に変更。
６．mt.cgiにアクセス
mt.cgiにアクセスするとログインフォームの前に4.21にアップグレードした旨が表示される。
備考．旧環境の削除
アップグレード後，旧環境（１．でリネームしたフォルダ）は不要になる。新しいバージョンが安定して動作することを確認したら，後日削除する。削除するまでの期間，セキュリティからはcgiファイルの（又はフォルダごと）属性を変更して外部からアクセスできないようにしておいたほうがよいと思われる（私の場合はフォルダごと変更している）。
なお，環境によっては属性を「000」にしてしまうとその後の削除・変更ができなくなってしまう場合があるようだ。私の使っている環境では「000」から元に戻すこともできたが，わからない場合は「600」くらいにしておいたほうがよいかもしれない。